台灣上百家水產品業者被中國暫停出口，主要品項魷魚、秋刀魚、鰹魚、午仔魚受衝擊。由於不像過去石斑、白帶魚等情況，中國海關總署沒有主動通知台灣聯絡窗口食藥署暫停進口的理由，讓漁民措手不及。
農委會主委陳吉仲今（9）日說明，中國海關總署資料中，台灣僅1件通過核准，其餘共800多家水產品被暫停出口，但600多件是基於廠商意願、被廢證等因素沒有提出申請；107件則是補件登記後被暫停輸入、2件自行撤銷，實際105件；另有73件未按期限完成，後來欲出口至中國，因此又提出登記，總計178家廠商受到衝擊。
陳吉仲表示，第一時間就委由食藥署聯繫中國單位，汲取過往鳳梨等農產品被禁出口的經驗，為了降低仰賴單一市場，已經啟動因應措施。不同魚種以凍儲、加工方式因應，讓價格穩定。
魷魚和鰹魚輸出中國，部分是為了加工再外銷其他國家，若中國量能降低，將輔導業者前往東南亞加工；午仔魚比照石斑魚辦法，除了開闢東南亞，目前內銷比重大幅提升；秋刀魚將以最大宗出口的韓國、日本，為市場前進方向。
中國去（110）年4月12日起要求世界各國，凡食品入境，必須先進行註冊登記。今年3月9日，中國海關總署來函衛福部食藥署，停止台灣原本申請系統管道、改為按照指定的書面格式，要求填寫相關文件，並於6月30日前完成。
中國海關總署於8月1日表示，提出申請但未通過的業者，仍然可持續出口至8月31日，但需完成補件，其餘未登記者則被暫停出口。
台灣是否有被針對？陳吉仲指出，其他國家截止日期是明（112）年6月30日，台灣提前1年是相對嚴格，但中國單位也並未明定補件的期限到何時，原本出口至8月31日，後來改成12月8日被禁止。WTO也相當關切，若是因行政措施導致的貿易障礙，有因應辦法。
食藥署署長吳秀梅說，本來使用系統申請變成書面格式，用Email一筆一筆傳送，確實是針對台灣所採用的特別審核方式，在申請期間都有一一和業者致電是否登記，每一家業者至少接到3通以上電話，目前已循管道和中國單位確認有無程序疏漏須補齊，尚未得到回應。
農委會表示，將全力捍衛漁民權益不受影響，也希望能將產品順利補件，完成註冊，銷往中國。
