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中國這次軍演，包括高雄港、基隆港等7處港口，將涉及演訓區域，航港局發出公告警示，呼籲船隻繞道進出港口；而漁業署也透過漁業電台及海巡等單位，提醒出海作業的漁船務必避開軍演範圍。
不少外籍漁工就算船隻靠岸，仍在船上生活，過去常出現在路邊洗澡，或是冬天用冷水沖澡的處境。漁業署近年來著手強化漁港內的硬體設備，漁業署表示，目前已在25漁港設置29處盥洗室、14處休憩設施，對漁工覆蓋率達59%，可望在明年達到9成以上。
魚類資源豐富的烏石港經過漁業署的評估後，預計7月中旬，開放烏石港北堤垂釣。過去烏石港港區依照《漁港法》，不開放垂釣，需搭船前往的一字堤，因有釣客落海，禁止垂釣。經民眾陳情後，漁業署決定開放北堤，但為避免影響漁船作業，釣客在北堤垂釣時必須往北邊，縣府也已完成北堤的護欄，並更新燈具與舖面，盼提供釣客安全的釣魚環境。
南方澳黑鮪魚季進入尾聲，受到疫情衝擊，不少餐廳歇業，不收黑鮪魚，導致魚價下跌，政府出手補助。此外，中國接連禁止台灣石斑魚、白帶魚輸入，影響漁民收入。政府呼籲中國大陸遵守國際貿易規範，同時加強內銷，以及提供外銷獎勵拓展國際市場。
中國講臺灣的石斑驗出禁藥，禁止進口，就有人咧風聲講，是因為有無合法的業者佮別人的魚貨濫做伙申報，才會害著合法的業者。毋過漁業署有去追查，發現運過去的11間養殖場，石斑攏是正常的，會共結果通知中國。
中國宣稱，從台灣進口的石斑魚檢出禁藥，因此禁止輸入，這在養殖業界盛傳，依然是借單出問題，波及到合法業者引發不滿。因此有業者認為，應該從源頭把關，建立制度、杜絕借單的情況。但漁業署追查，被點名的2個船班，當航次所載運的11個養殖場進行查驗，下午確定魚體合格，會把結果通知中國的窗口。
南方澳黑鮪魚季即將進入尾聲，但受到疫情衝擊，不少餐廳沒營業而不收魚，導致魚價不高，加上空運國際運費高漲，主要外銷日本的黃鰭鮪也遭承銷商壓價，影響漁民收入。至於漁會針對低於保證價格的鮪魚加工製作罐頭時，更因原物料成本提高，影響漁會財政，漁會盼政府在疫情衝擊下，能比照去年針對魚價、運費以及鮪魚加工給予補助，幫助漁民度過難關。縣府農業處說，漁民的心聲已反應給漁業署，並錄案辦理中。
南方澳第一魚市場改建工程斥資1億6000萬元，去年3月完工至今，卻因蘇澳區漁會認為漁業署連公共設施都要收租金，覺得租金過高而不願經營遲未啟用，遭地方質疑，嚴重影響南寧魚市場的遷移進度。縣府說，漁業署跟漁會已達成共識，確定委託漁會經營管理，目前已積極輔導漁會提出投資計畫書，順利的話，預計6月底計畫書就能送審，漁業署審核通過，第一魚市場就能啟用。
台灣遠洋漁船傳出漁工超時工作、被苛扣薪資等負面事件，傷害台灣國際形象，為此漁業署提出「漁業與人權行動計畫」等七大策略，針對超時工作問題，將修法明定漁船裝設CCTV，讓工時透明化，也要強化仲介管理。
烈日下只能在甲板用棉被、紙箱遮蔭，惡劣環境讓漁工身體不適。這艘台灣人持有、設籍萬那杜的權宜船大旺號，船長及大副被指控經常打罵外籍漁工；不但受傷了要繼續工作，還有漁工被大副重擊頭部，之後不幸死亡，苛待方式令人髮指。高雄地檢署襄閱主任檢察官徐弘儒表示，「恣意怒罵、揚言扣薪、暴力毆打、超時工作、休息不足、衣不暖食不飽等苛刻勞動條件，來對待海上漁工。」綠色和平收到投訴後隨即通報相關單位，檢方經過登船等長時
