為保育馬糞海膽的生態資源，澎湖縣只在七八月開放採捕，不過自然生態保育協會發現，幾乎在開放後三天內就被採光。學者認為，要讓海膽資源永續，光訂禁捕期沒有用，應該進行社區自主管理，澎湖縣農漁局則表示會努力朝這個方向推動。

馬糞海膽堆放在路上，民眾拿著工具，先輕輕敲碎外殼，接著小心翼翼取出海膽，最後再加以清洗。澎湖縣7月1日一開放採捕馬糞海膽，漁港旁就出現這樣的景象，雖然採摘期長達兩個月，但學者觀察，差不多在開放三天內海膽就被抓光，這讓學者憂心光是禁捕不夠，應推動社區自主管理、劃設保育區。

自然生態保育協會理事長鄭明修表示，「我們可能三天就採完了，這樣的話，你就不是叫永續性的採捕法。社區劃出自己的保育區，那也許劃兩個區，今年採這個、明年就是採B區，讓這個另外一區就是種源庫的概念。」

鄭明修認為，要讓海膽資源永續，不能只規定採捕期以及採捕八公分以上的海膽，需有更精緻的配套，而漁業署也表示，曾建議澎湖縣政府這樣做。

農委會漁業署漁政組組長施俊毅回應，「我們還是認為，不要用像現在這種奧林匹克式的採捕，你一開放，大家就像賽跑一樣比誰採得比較多，應該是我們來訂定一個合理的採捕量。」

澎湖縣農漁局表示，從去年就在烏崁推動社區自主管理、限制捕撈，會先從三社區試辦，再逐步擴大。

澎湖縣農漁局副局長林文藻表示，「以這三個社區為典範，去推演到其他社區，形成一個帶狀的保護區。」

長年研究珊瑚的鄭明修指出，四五十年前澎湖約有兩億顆馬糞海膽，毫無節制捕撈造成資源枯竭，若海膽銳減會造成藻類增生，直接衝擊珊瑚生存，當食物鏈大亂時，珊瑚生態系就可能面臨崩毀的威脅。