開票人員一張一張仔細比對公投票，九合一大選中的十大公投議案，有七項通過，符合同意票超過多於不同意票，並跨越總人數1/4約 494 萬票的門檻，
由國民黨提出的反空汙、反深澳電廠、反核食三案都通過，另外由民間團體提出的五項性平議案中，婚姻限一男一女等三案通過， 民法保障同婚等兩案未過，公投第13案以台灣為名參加東京奧運也未通過，第16案以核養綠通過。
其中以核養綠公投內文，明確涉及廢止電業法中廢核條文。
行政院發言人 KOLAS YOTAKA說：「我們看見公投案的主文，他清楚的說，他是要廢除電業法95條之一，但是通過之後，公投通過之後，它的效力並不能強制要求政府必須要讓核一核二核三廠延役，所以政府依然會持續的來推動2025非核家園。」
政大外交系兼任副教授賴岳謙說：「今天公投人民的意志已經直接表達，如果這樣子的情況都還不算數，那會貽笑國際。」
另外公投案中，備受矚目的性別平等公投議案，由下一代幸福聯盟提出的三議案中，除婚姻定義為一男一女，還有高中前不實施同志教育，同志權益以專法保障全數通過，幸福盟提案提案的「同志婚姻入民法」未過，行政院表示，依據公投法規定，行政機關必須在3個月內提出保障同性婚姻的專法草案。
KOLAS YOTAKA說：「在中選會公告公投結果之後，相關的行政機關必須要在三個月內，提出行政院版本的(草案)送到立法院。」
依公投法規定，政院版草案送立法院後，立院需下個會期完成審議。但立法院仍有不通過專法、或另提版本的可能，立委也有職權提案修民法，至於性平教育公投，並無法源約束，政院表示會請教育部重新審視相關內容。
