離岸風電開發，風機基座打樁所產生的噪音，會對鯨豚造成極大衝擊。環保署參考德國標準，規定打樁噪音不能超過160分貝，不過保育團體質疑環保署對業者放寬監督，並質疑國外風電商在母國可以達到嚴格的噪音管制標準，為何到台灣就做不到。
從空拍機俯瞰，打樁工作船擴散出一圈圈同心圓。這就是氣泡幕，降低打樁噪音。
去（2022）年環保署已經將打樁噪音閾值160分貝，修正為管制值160分貝，也就是打樁每30秒記錄一次的數據，95%不能超過160分貝，卻遭保育團體質疑放寬監督。
台灣蠻野心足生態協會研究專員施仲平指出，「在我們看來，不能超過就不能超過，所以他的方法是放寬。」
保育團體不滿環保署放任離岸風電業者，以4筆資料代表一整年；另外在歐洲，施工後針對鯨豚調查遍及20公里範圍，在台灣只針對最外側基樁外1公里。
台灣媽祖魚保育聯盟常務理事郭佳雯質疑，「我們提出的疑問就是，為何在這些開發商的母國，他們都做得到；一旦來到台灣開發之後，這些外商就都做不到了？」
學者也指出，研究顯示，打樁噪音暴露值達137分貝，30分鐘後瓶鼻海豚緊迫指數顯著上升。噪音會影響海豚生理與行為，但台灣對於更珍貴的保育類白海豚與露脊鼠海豚，卻沒有訂出更嚴謹標準來保護。
台大獸醫系教授楊瑋誠表示，「（如果）沒有達到我們尊重環境的這個事實，那我認為它就是一個嚴重地違反了環境倫理的這樣子的一個作為。」
對此，環保署說明，制定明確管制值才能夠執法，並非放寬。至於4天數據作為一年背景資料，有些是因為業者投放監測儀器，屢屢遭到破壞導致，並強調已經裁處7件離岸風電違規案件、開出累計532.5萬元罰鍰，會持續把關。
