台灣高鐵公司完成2020年高鐵沿線地層下陷監測成果報告，並提報鐵道局，其中雲林有3處下陷量增幅成長，但仍在安全範圍內。對此雲縣府水利處表示，分析原因可能是去年雨水少為最大因素，目前每年配合中央政策，針對縣內水井管理步入軌道，希望減緩下陷情況。
雲林農民說：「現在秧苗小，大約兩天要灌溉一次，如果長大了就不用，大約一個禮拜灌溉一次不一定。」、「就是沒有水才要抽水，種稻如果沒有水就種不起來。」
根據報告，2020年雲林縣3處高鐵經過路段下陷量增加，包括高鐵行經雲林158縣道下陷量2.5公分、跨越台78線下陷量3公分、雲林高鐵站下陷量3.9公分，分別比前年增加0.2-0.5公分。
雲縣府水利處長許宏博回應，「在做中央各項地層下陷的防治之後，會逐漸變成最大的變數就是水情。假如水情，就是那年的雨水多的話，下陷的量就會很好；假如水情不好的話，地層下陷相對會加劇。」
雲縣府水利處表示，配合中央防治地層下陷，去年取締非法或封填約有180口水井，希望減緩地層下陷。
台灣高鐵公司也表示，橋墩間角變量發展都在容許範圍內，營運安全無問題，持續辦理監測，並視需要辦理預防性維護工程，以確保高鐵安全。
