廟方的工作人員到廟裡需全程戴口罩，還要先測量體溫，看是否有發燒。由於接近媽祖聖誕，許多信眾利用清明節連續假期到北港朝天宮參拜，因此被中央疫情指揮中心列為全國十一個警示景點之一。廟方公告從7號開始，需要戴口罩才能進入廟內拜拜。廟方人員說：「才不會說講話噴口水或是怎麼，會比較不安全，用這樣會比較安心。」北港朝天宮董事長蔡咏鍀解釋，「本來拜拜，口罩帽子都要拿下來，但是疫情關係，我們不會去叫人家拜拜口罩要拿下來。」
朝天宮廟方表示，因應農曆三月香客人潮，廟方之前就有加強防疫工作：包括增設酒精、乾洗手等防疫設備。另外北港鎮公所清潔隊也加強廟內和廟外周邊消毒，而接下來連假人流管制，香客也有不同看法。香客說：「現在全世界都嚴重，所以我認為管制是非常的好。」但也有香客表示，「你看現在也沒有管制，人都少那麼多了，所以有必要管制嗎？」
廟方強調，這段期間香客多，廟方也沒辦法去管制來自各地人潮。目前也採購紅外線體溫測量器，下週就會啟用。若體溫超過37.5度禁止入廟，全力做好防疫工作，避免成為防疫破口。
