湖山水庫位在雲林縣斗六市與古坑鄉的交界，從濁水溪的支流清水溪引水，屬於離槽水庫。
中區水資源局主任工程司 汪平洋解釋，「當時興建湖山水庫的一個最重要目的，就是要這個水庫來取代，原先自來水公司所抽取的地下水供應的目的，就是供應我們雲林地區的民生用水。」
平靜的水面下，曾經有一座生態很豐富的森林，是瀕臨滅絕的八色鳥與食蛇龜，在台灣最好的繁殖地。現在山谷被淹沒，生物也不見了。
樟湖國小校長 陳清圳說：「你說多偉大，我都覺得只是在滿足部分人類的利益而已，所以你看以前這裡面有多少食蛇龜、有多少的野生動物在這裡面？」
台灣環保聯盟雲林分會理事長 張子見表示，「八色鳥過去在水庫動工之前，我們調查到的大概六百多隻，施工完畢之後剩下二十幾隻。」
湖山水庫是近年來最大規模的低海拔森林破壞，雖然水利署提撥兩億元經費，進行生態保育措施，卻無法重建原來環境裡的生物多樣性。陳清圳認為，水資源管理應該有更嚴謹的策略，他說：「必須要去做整體性的評估，這些水源包含生態基流量、包含農業用水、工業用水、地下水補充，全部都把它評估完之後，有工業用水需要多少才蓋多少的工業區，充分給水的話，工業區就會不斷擴張，台灣就是會一直在殺雞取卵。」
水庫對環境的傷害大，湖山水庫花費的代價，絕對不只185億元的興建費，它能否減緩地層下陷，留待時間驗證。
