蔡政府力推綠能，其中室內型漁電共生養殖場採屋頂型光電，是重點之一，近期更有業者獲得88.8億元貸款，進行大規模開發。不過環保團體質疑，目前缺乏相關環境檢核機制，憂心無總量管制、無分區機制，恐帶來魚塭地景的棲地破碎化，嚴重衝擊生態。
為了全力發展綠能，不少魚塭裝設太陽光電板，不過土地面積有限，有業者推動室內養殖，利用屋頂加裝光電板，覆蓋率是室外魚塭的兩倍。但西南沿海是水鳥熱區，專家憂心缺乏生態檢核，興建之後土地恐被建築物遮蔽，將衝擊生態。
中華民國野鳥學會祕書長呂翊維指出，「它會造成所謂的棲地破碎化，這些鳥類牠們可能會開始迴避這些區域、減少這些區域，進而整個棲地喪失。」
也有環團憂心，目前已有200餘公頃申設，若讓光電業者一頭熱投入，會不會到時候經營不善，反而形成大量爛尾問題？環境權保障基金會研究員許博任就建議，「特別更重要的是總量管制，我們認為一定要有總量管制，你不能一開始一下子就（開）放太多。」
環團指出，在環境與社會檢核機制下，圖片上黃色的「關注減緩區」，如果室外魚塭要在上面開發光電，必須提出「因應對策」送審，但室內魚塭完全不用。
台灣環境規劃協會常務理事李翰林表示，「2到3公頃的小小養殖工廠，它可以肆無忌憚，想蓋哪裡就蓋哪裡，在關注減緩區應該是連戶外型都要做嚴格的要求，那室內型應該是根本不能進去的。」
五大環保團體共同訴求，農委會漁業署應儘速提出「全國室內養殖設施白皮書」，有更明確的上位政策，才能進行有效的管制，環團強調並非反對綠能，但認為應該「有秩序、在適當的區位」推動，避免發展失控。
