入住民眾在後4天自主防疫期間，如果需要外出，必須向業者出示快篩陰性證明等文件，如果外出後，就沒有回到旅館，會請業者協助通報。
國內16日新增63170例本土個案，各縣市病例數都降到1萬例以下，台中高雄都是9千多例，新北市7千多例，台南6千多例，全國中重症增加373例，包括兒童重症3例，當中有2例是有MIS-C，1例腦炎。而確診個案中，新增168人死亡，其中，一名有慢病的17歲少年，確診一週後去世。
中央流行疫情指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞說，「他本身有食道閉鎖等等這些慢性病，是屬於一個長期臥床的青少年，後續因為有出現嚴重休克，以及心肺衰竭的情形，那不幸在6月12日的時候過世。」
因應邊境管制新制度3+4上路，指揮中心修正防疫旅館指引，入住民眾若在後4天自主防疫期間需要外出，必須向業者出示快篩陰性證明，以及身分文件，而若外出後，就沒有回到旅館，會請業者協助通報。
羅一鈞指出，「他不可以就是整個晚上都沒有回來，所以這個部分就是說會由地方政府，這邊視情節來進行後續的查處。」
隨著國境逐漸解封，航空及旅遊業者反映入境每週2.5萬人上限，恐怕讓本國人想回國卻搶不到名額，指揮中心表示，這是目前考量醫療量能所做出的限制，未來視疫情情況，逐步開放，會以本國旅客為優先考量。
羅一鈞說，「假如未來有調整空間的話，應該還是會以本國籍的來做優先，那至於說是不是能夠不要算本國籍的旅客，那我想需要掌握的是說，我們的入境管理跟醫療量能照這部分，是不是能夠容許到不設限的本國籍的人士。」
指揮中心觀察，全國確診高峰期已過，北部病例開始下降，中南部正要脫離高原期，為了解這一波本土Omicron疫情期傳播狀況，將建針對今年1到6月的全國各捐血中心血清存檔樣本，進行分層隨機抽樣，預計抽樣36,000件檢體，後續採匿名存檔供疾管署統計分析，若捐血人不願意接受抽樣，可以在6月30日前，致電1922由專人註記。
