今年5月，中研院南部院區舉行動土儀式，總統蔡英文親自出席，宣示南部院區將成為南台灣科學研究重要基地。但立法院審查108年度的中研院預算，卻發現研究費用逐年縮減，如果未來還要加上南部院區，可能會出現「蚊子館」隱憂。
民進黨立委陳亭妃質疑，「那預算又被逐年遞減，怎麼辦？」
中研院長廖俊智回應，「（南部院區）成立之前，（希望）就能夠開始編列南部院區的維運費用，然後逐年招募人員。」
中研院南部院區占地約7.3公頃，三棟研究大樓預計110年3月陸續興建完工，主要將發展農業生技、循環永續、台灣文史等領域。也有立委點出，預算中的研究費，從101年39.34%，到108年下滑6%，但用人費、以及和大學合聘的研究人員數量都提高，遭質疑可能對研究的「質」造成影響。
中研院長廖俊智表示，「跟大學合聘，能夠跟大學交流，能夠吸收大學的學生 。」
國民黨立委柯志恩則表示，「量跟質，目前為止還在缺乏的狀況之下，有這樣的合聘狀況，而且越來越多的狀況，我覺得這個東西是要被檢討的。」
中研院士曾志朗也對經費縮減表達憂心，「國外進步很快，那我們好像被綁手綁腳，那很多才能都沒有辦法發揮，很可惜啦，（舉例）我們的薪水，如果（研究人員）是同樣的薪水的話，一個港幣、一個台幣，我們當然是希望趕快能提升（薪資等配套）。」
中研院說明，中研院的勞務承攬和一般單位不同，從事基礎研究需要相當多人力，所以約聘較多，但他們未來也可以爭取為博士後研究人員進一步轉正。至於南部院區，初期估算將進駐6百人，院方也將盡快編列相關預算因應。
中研院士曾志朗也對經費縮減表達憂心，「國外進步很快，那我們好像被綁手綁腳，那很多才能都沒有辦法發揮，很可惜啦，（舉例）我們的薪水，如果（研究人員）是同樣的薪水的話，一個港幣、一個台幣，我們當然是希望趕快能提升（薪資等配套）。」
中研院說明，中研院的勞務承攬和一般單位不同，從事基礎研究需要相當多人力，所以約聘較多，但他們未來也可以爭取為博士後研究人員進一步轉正。至於南部院區，初期估算將進駐6百人，院方也將盡快編列相關預算因應。
