公投結束後，外界關注，下一步就是開放日本福島五縣市食品，經濟部長王美花坦言，日本是CPTPP重要貿易國，開放福島食品是未來談判重點之一。
四大公投結束後，日本各大媒體聚焦反萊豬公投，認為可能牽動福島食品解禁，進而影響台灣未來申請加入CPTPP進度。經濟部長王美花坦言， 日本很關切福島五縣市食品是否開放，會參照科學依據與國際標準。
國民黨立委楊瓊瓔提問，「為了我們要加入CPTPP，那你會願意來開放進口（福島五縣市食品）來做為交換嗎？」經濟部長王美花回應，「日本福島五縣市的食品一直是日本關切的議題，所以未來的諮商一定會討論這樣的一個議題。」
外傳農委會預計在農曆年前，參照韓國模式先開放部份農產品，而菇類、水產類暫不開放。農委會主委陳吉仲否認，說遭斷章取義。
民進黨立委林岱樺問及，「你主張開放，同意開放福島縣的這個農產品，但是禁止他的漁產品？」農委會主委陳吉仲澄清，「我沒有說要所謂的開放這個福島五縣的這樣的一個食品，那只有水產品排除例外，是因為有媒體在問韓國的案例。」
陳吉仲表示，禁止福島五縣市食品輸台，應該回歸科學數據，但目前規定卻是以食品所在位置，不符合CPTPP國際貿易規定。
民進黨立委鄭運鵬指出，「不要去扣人家帽子，日本就是核食，像台灣人家就跟你說（鳳梨）沒有介殼蟲，（中國）都跟你說有了。」 農委會主委陳吉仲回應，「從2011年開始逐步的針對所謂的區域的調整，放寬成所謂的高風險產品的管制等，其實要把這些的資訊給所有的國人。」
農委會表示，目前全面禁止日本福島五縣市食品，只剩中國、台灣。港澳地區只禁止蔬菜、水果及乳製品，南韓則是日本國內限制流通的品項與水產品。衛福部則公布去年3月到今年12月中旬，邊境檢驗日本食品約18萬件，有輻射含量共232件，但都符合我國及日本標準，未有不合格案例。
