採購疫苗的進度，成了疫情下外界關注的焦點。指揮中心證實，這個月28日已經和高端疫苗及聯亞生技簽訂採購合約，國產疫苗預計總共會有兩千萬劑的進帳。對於國內紛紛有聲音希望自主採購疫總統府回應，將請指揮中心儘速和各申請單位了解、確認相關貨源，提供必要協助。
目前疫情嚴峻，指揮中心向國外採購疫苗的進度備受外界關注，國產疫苗則力拚7月底開始供應。指揮中心表示，新冠肺炎流感化是必然的趨勢，疫苗自製自用是國家既定政策，已在5月28日和高端疫苗及聯亞生技兩大廠簽訂合約，分別各500萬劑預採購及500萬劑的開口合約，也就是最多各採購1000萬劑。
聯亞藥業研發團隊博士彭文君表示，「原則上是五百萬劑，那後面還有一個出口合約的五百萬劑，那當然他的限制條件就是要通過EUA以後，這個採購才算是後面正式的採購。」
中央流行疫情指揮中心發言人莊人祥回應，「他這個解盲的成功的話，那我們可以就是保障我們的國人一定可以拿得到這樣的一個產品，這其實跟一般的跟就是我們在國外預採購疫苗是一樣的。」
由於指揮中心要求應由第三方公正單位來進行效價的驗證，因此還需要將第二期臨床試驗受試者的檢體封緘，交由中研院分析結果。高端預計六月上旬有試驗分析結果，力拚七月供貨，聯亞預計於六月中送交，但這也意味國產疫苗二期都還在進行中，政府就已經和業者簽約，安全性和有效性也受到質疑。
國民黨台北市議員徐巧芯質疑，「至少要要求他們按照國際的這些藥廠做第二期的期中試驗報告，符合相關的規定才能開始緊急授權，安全性有效性上面，政府都應該要做最嚴格的把關。」
中央流行疫情中心指揮官陳時中澄清，「到目前來講，我沒有說二期它一定會成功，但我們希望它能夠成功，確效上面當然沒有比上完整三期來得那麼完整，但是也是在科學上可以被認同的。」
總統府回應，政府與民間共同努力，讓疫苗供給更穩定，沒有所謂刁難問題。對於民間申請疫苗採購捐贈，總統蔡英文將請指揮中心全力投入處理，儘速與各申請單位了解、確認相關貨源，提供必要協助。
