黑面琵鷺為瀕危物種，全球數量不到四千隻，農委會特生中心與台師大研究團隊研究黑琵的基因圖譜，發現牠們一萬八千多年前數量高達六萬隻，如今族群大量萎縮，但因沒有喪失遺傳多樣性，若好好保育，還是有可能再壯大族群。

雖有長長的嘴方便覓食，但脖子癢的時候抓也抓不到，這時若有同伴幫忙，就再好不過了，這是黑面琵鷺間的親密行為。黑面琵鷺被列為瀕危物種，1990年間一度剩不到三百隻，但在最後一次冰河期結束、約一萬八千多年前，牠們數量曾高達六萬隻。

農委會特生中心副研究員姚正得指出，「最近百年內有一些戰爭或者農藥的使用，造成很多物種進入更嚴苛的瓶頸效應裡面。」

農委會特生中心與台師大生命科學專業學院合作，透過11.9億個鹼基對的基因組草圖揭開黑面族群的重大變化。黑琵的近親、分布在紐澳的皇家琵鷺數量多達十萬，黑面琵鷺卻僅有3,941隻，然而研究發現，黑面琵鷺並沒有因此喪失遺傳多樣性，族群壯大的根本還在。

台師大生命科學專業學院研究助理葉佳芬表示，「因為我們不知道未來環境會怎麼樣變化，如果牠多樣性比較高的話，牠就會有所本，（比較容易存續下去）。」

台灣西南沿海是黑琵重要渡冬地，這個冬天有近2,600隻造訪，佔全球總量三分之二。若要幫助黑面琵鷺再次壯大，特生中心認為台灣能否好好保護棲地至關重要，目前黑琵的渡冬熱點，包括台南土城、七股，及嘉義布袋皆非保護區，都存在受破壞的風險。