為推動水災治理工程，政府從103年開始，推動六年六百億「流域綜合治理計畫」，審計部調查發現，滯洪池興建緩慢，而且還未完成的大部分在雲嘉南、高雄地區。
蓄水水位幾乎達到滿載，台南三爺溪仁德滯洪池，在暴雨襲擊的這幾天，發揮治水功效。為延續水患治理工程，中央政府民國103年起，推動六年六百億「流域綜合治理計畫」，但審計部調查發現，滯洪池興建緩慢，且未完成的滯洪池，多分布在這回水災嚴重的雲嘉南、高雄地區。
水利署副署長 王藝峰表示，「滯洪池它本身的佔地面積大，因此推動的時候，常常必須使用到很大片的土地，這都涉及到都市計畫區域計畫，以及對私有地的徵收，都必須透過協調。」
水利署表示，計畫分成兩期執行，共要興建30座滯洪池，目前已完工的有7座，施工中8座，還有15座未發，例如雲林虎尾、嘉義新港的滯洪工程都曾面臨民眾抗爭。嘉義縣水利處則表示，縣內有七座滯洪池興建計畫，但五座的用地都是台糖土地，目前還未能取得共識，所以五座都無法動工。
嘉義縣水利處長 林谷樺說，「去年八月就去跟台糖公司協調說，看他們能不能先行同意使用，我們再把這個東西，（土地徵收程序）完成，再把錢撥給他，他們可不可以先動工，但他們到現在為止都還沒動，（台糖）土地政策有改，就是給我們百般刁難。」
水利署指出，台糖還是會考量土地釋出後，能否帶來收益，由於滯洪池可能久久一次或多年才會在水患來臨時，發揮作用，未來會參照日本等國，將滯洪池設施多元利用，例如平時作為運動場，讓民眾可以使用，減少對土地徵收的疑慮。