日航客機2日傍晚在東京羽田機場跑道，撞上海上保安廳準備運送地震物資的飛機，釀成5死意外。日本國土交通省初步調查指出，事故前塔台已給予日航客機進入跑道的許可，並指示海保廳的飛機在跑道外等待。海保廳飛機上的飛航記錄器3日已經尋獲，期盼能有助釐清這起意外的真正原因。
已被燒成一片焦黑的日航516班機殘骸，3日上午還在衝撞事故現場的羽田機場C跑道上，日本警視廳人員前往現場採證，機場的消防車也在一旁待命。
日本運輸安全委員會派出的6名調查人員也抵達事故現場展開調查，並已尋獲海上保安廳飛機上的飛航紀錄器，希望能進一步釐清事發當時飛機與塔台的溝通情況。
日本運安委員會調查官藤原琢也指出，「海上保安廳飛機上的飛航紀錄器已經尋獲，所謂尋獲表示這個飛機上的儀器已經在我們手上，這是目前的狀況。現在我們會把儀器帶回辦公室進行檢查，看是否能釋出資訊。」
針對這起飛機衝撞意外，日本國土交通省官員接受NHK訪問時指出，事故發生前，塔台人員已許可日航516班機進入跑道，也指示海上保安廳的飛機在跑道外等待。
日航2日晚間也聲明，當時機長已確認得到塔台的降落許可，並在複誦指示後，實施降落作業，2機當中是否有人員漏聽或誤解指示，成為關鍵。
由於遭撞的海保廳飛機，當時準備從羽田機場出發，載運地震相關物資前往新潟航空基地，日本首相岸田文雄3日表示，儘管發生5死1傷的不幸事故，但運送物資作業沒有受到影響。
日本首相岸田文雄表示，「目前各部會與單位都齊心協力，確保各種運輸路線，我們認為整體來說，這起事故對運送物資沒有影響。」
日航前機長小林宏之接受《朝日新聞》訪問時透露，日航每年都會要求機組人員至少要進行一次緊急疏散訓練，機組人員必須在90秒內清空機上所有乘客，也多虧這些訓練，幾乎滿座的客機才能順利撤離，否則可能有嚴重傷亡。
日航516班機為空中巴士A350型客機，2021年11月交機給日本航空，空中巴士也將會派遣專家前往日本支援調查。