跨性別學生在校園可能會面臨歧視，或者是宿舍、友善廁所不足等困境。伴侶盟和7所學校合作調查，發現跨性別學生無論是在住宿、上廁所或者是學籍資料上，都存在許多不便，呼籲各校能讓學籍性別和法定性別脫鉤，並增加友善設施，確保跨性別學生能獲得平等對待。
台大學生會性工坊負責人杜振銘說：「調查7間學校都沒有性別友善宿舍，跨性別的同學在傳統宿舍場域裡面，並不是感到安全的、舒適的。」
跨性別學生，常面臨宿舍、友善廁所安排，甚至是不平等對待的困境。伴侶盟發起跨性別友善校園調查，和7所學校社團合作，以學籍資料來看，學生無法因為性別認同而更改學籍性別，要等變更身分證才行；但值得肯定的是，有學校已經取消各種文件的外顯性別欄。
台灣伴侶權益推動聯盟政策主任方綺說：「學籍上的性別要等於身分證性別，這樣子的規範，其實讓許多跨性別學生，在讀書的過程中需要時刻擔憂被迫出櫃的問題，我們希望有更多學校可以跟上腳步，全面去除外顯的性別欄位。」
至於友善廁所的設置，7所學校都有，但數量不多；住宿方面，各校沒有明文規定跨性別學生的友善住宿機制，但也有學校積極宣導，並派專人處理；而在課程安排上，還是有部分課程存在性別限制。
東吳大學人權學程學生李晏蓉說：「學校入口網站的部分，則是沒有任何一間大學有明確的性別友善標示，對於這些議題討論的風氣並不盛行的話，我們很難期待僅僅藉由教育部，或是相關法規的規定，就來達到我們所預期想要的成果。」
伴侶盟和學生團體建議，學校應該要讓學籍性別和法定性別脫鉤，並取消文件的外顯性別，與此同時，還要增加性別友善廁所和友善宿舍的數量，確保跨性別學生不被歧視，能獲得更好的協助。