因應武漢肺炎疫情，中央流行疫情指揮中心目前為二級開設，也就是由衛福部長陳時中擔任指揮官。前衛生署署長楊志良認定，目前國內至少有兩例無法確定感染源，這已經符合防疫指揮「一級開設」的標準，發生類似的感染機會只會變多，他認為現在不提升為一級，是政治決定，蔡政府強調未進入社區感染階段的說法是自欺欺人。
楊志良表示：「那會不會讓大家覺得，我們已經發生了社區的傳播，對不對，所以你才一級開設，所以這個是一個政治決定，就是看政府他怎麼去判斷這個事情。」
楊志良表示，新冠病毒跟以往病毒相比，傳播力強，光是吃飯聚餐就能傳染好幾個人。加上潛伏期長，以及許多感染者並沒有症狀，按照以往呼吸道傳染病的例子來看，要到夏天疫情才能比較平息，因此民眾還會有相當一段時間需要和新冠病毒共存。
楊志良認為，只要中國的疫情不能夠反轉，全世界就不可能反轉，就算有藥也沒有用，因為藥只是讓，這些已經感染的人發病以後不會死亡，但是不會阻止病毒傳播。
針對各級學校開學，楊志良指出，目前中國武漢肺炎死亡人數中，並無十歲以下兒童的案例，中高齡者才是高風險群，他從流行病學的角度來看，建議除了有先天疾病或疑似呼吸道症狀者之外，其他學生建議在校上課時間不需要戴口罩。
針對各級學校開學，楊志良指出，目前中國武漢肺炎死亡人數中，並無十歲以下兒童的案例，中高齡者才是高風險群，他從流行病學的角度來看，建議除了有先天疾病或疑似呼吸道症狀者之外，其他學生建議在校上課時間不需要戴口罩。