黃芳彥畢業於台大醫學系，先後任職於台大醫院與新光醫院，1985年陳水扁夫人吳淑珍車禍送醫，就是由黃芳彥擔任麻醉師、黃芳彥妻子則負責吳淑珍復健；扁家則在黃芳彥妻兒一年內先後亡故時，對黃芳彥伸出援手，兩家交情甚篤。
2008年陳水扁卸任不久後，黃芳彥更在鏡頭前說出，「不管發生什麼事，都會永遠照顧扁家」。
黃芳彥捲入扁家多項弊案，當年檢調偵查陳水扁洗錢疑案，黃芳彥曾經將177萬美金和台幣七千萬，陸續從台灣匯往新加坡的銀行，讓外界懷疑黃芳彥也是陳水扁洗錢的人頭帳戶，不過黃芳彥鄭重否認，表示他不是人頭，「相信阿扁，更相信司法。」
黃芳彥2008年11月3日出境到美國，隔年1月具狀檢方，坦承自己的西裝外套有吳淑珍寄放的11顆裸鑽，價值4700萬元，之後檢方在黃芳彥住處搜得總價值約1億元的75件珠寶鑽石，黃芳彥因此被特偵組改列被告，但他屢傳不到，成為扁案第一名通緝犯，通緝時效直至2034年。黃芳彥從此就不曾踏進台灣一步。
黃芳彥不僅涉及洗錢，因為人脈廣，常被當為說客。2007年中華民國史上首位由總統提名、立法院同意任命的檢察總長陳聰明，因為大年初三到黃芳彥家中作客喝春酒，飯局頻頻引發爭議，最後遭監察院彈劾；前台大校長陳維昭更在回憶錄披露，陳水扁曾透過黃芳彥居中協調，希望插手台大醫院人事案。
如今黃芳彥客死異鄉，檢方表示等到確認過世，依法完成確認程序後，檢察官將撤銷通緝，並予黃芳彥不起訴。
