武漢肺炎疫情全球持續升溫，雖然目前台灣僅有零星社區感染，而且都是家庭群聚事件，但為了超前部署，行政院長蘇貞昌，27號宣布將中央流行疫情指揮中心層級提升到一級，並且任命陳時中為指揮官，知情人士透露，早在26號國安高層會議上，就已經達成共識。
行政院發言人Kolas Yotaka說明，「預防社區感染的準備，所以院長在院會當中，聽取完陳時中部長的簡報，同意把我們的指揮中心，升高為第一級，同時院長也在現場表示，由陳時中部長繼續來擔任指揮官」
根據衛福部的疫情指揮系統啟動機制，原先還在第二級，現在已有確診病例提升到一級，指揮官就由行政院指派，並且拉高層級，指揮中心的常態會議，將由各部會副首長進駐，同時，蘇貞昌也下令各部會成立武漢肺炎小組，由部會首長親自督導，不可讓疫情擴散。總統蔡英文也認為疫情嚴峻要超前部署，迎戰病毒。
總統蔡英文指出，「既然法律已經上路，預算也即將到位，我們決定超前部署防疫指揮中心，將提升為一級，我們會用全面整合政府資源，來迎戰新型冠狀病毒的威脅。」
蔡總統也呼籲國會儘快通過特別預算草案，強化防疫及紓困能量，更特地視察第33化學兵群，慰勉他們辛苦執行武漢返台及鑽石公主號包機的消毒工作，也強調防疫視同作戰，希望做到滴水不露，化學兵能替國人築起一座堅強的防疫堡壘。
