光復市區的淤泥清除大致告一段落，災害前進協調所指出，下一階段重點是農田，目前估計農田淤泥600萬噸，比起市區已清除的淤泥垃圾恐達百倍之多。花蓮區農改場指出，山上沖下來的土砂偏鹼性，有機質少，過厚不利復耕。
馬太鞍溪北岸原本翠綠的農田，覆蓋厚厚淤泥，《我們的島》團隊災後前進災區，透過空拍紀錄到農田嚴重受損情形，南岸也很嚴重，農田甚至完全隱沒在滾滾泥砂裡。就在市區清淤暫告一段落，中央表示，農田淤泥量恐怕是市區垃圾與淤泥的百倍之多。
中央前進協調所指揮官季連成指出，「現在所有清出來的淤土還有垃圾才只有6萬噸，農田就有600萬噸，救災復原工作告一段落之後，農田就是我們下一個階段的重點。」
就住在佛祖街的農民表示，田都被淤泥覆蓋，因為農田沒有遮蔽，當然淤泥量堆積更多，目前誰會來協助清除還不清楚，但她很希望能復耕。
光復鄉農民蘇小姐表示，「太厚的一部分要把它清掉，要不然沒有辦法種東西，不曉得政府要派人來清淤，還是我們要自己花錢清淤，就不曉得啊。」
從山上沖刷下來的巨量淤泥，適合耕種嗎？花蓮區農業改良場指出，其實這些土質偏鹼性，太厚的話不利作物生長，就算要利用，也得要花長時間進行土壤改良。
農業部花蓮區農改場長楊大吉表示，「它是新鮮的話，本身裡面有機質不多，種東西就比較不容易，如果太深的話，那個要養地要養很久、一段時間，所以真的太深的話，還是要清除會比較快復耕。」
災後初期，垃圾掩埋場的垃圾大舉入侵農田，部分已經清除，而針對農田流失，農業部承諾以專案辦理救助。
農糧署主秘陳立儀表示，「不是說農田放在那邊就不管它，會把淤泥移除，農糧署這邊是會有專案研議救助這部分。」
針對受損的農機具設備、溫網室重建，補助提升至8成，整場遭掩埋的特殊災損，將給予專案協助，若嚴重到無法在明（2026）年復耕者，則可專案申請休耕補助等。