根據指揮中心統計，目前國內共累計14例兒童重症，其中有6例引發腦炎，包括台南10歲男童沒有慢性病史，染疫後合併猛爆性腦炎，除了發燒、四肢抽搐，甚至疑似出現幻覺，說廁所有妖怪，最後因腦水腫太嚴重，於18日搶救不治死亡。
成大醫院小兒胸腔暨重症科主任王玠能說：「熱性痙攣通常是發生在5歲以下，所以如果5歲以上6歲以上，這小朋友還會有抽筋，這是不太正常的。開始出現一些意識昏迷、嗜睡，或者是說胡言亂語，像這個病人這樣，胡言亂語，亂說這個奇怪的聽不懂的，像這樣的狀況，千萬要很小心。」
國內新冠兒童染疫，如果不幸變成為重症，病程發展就會相當快速。
中央流行疫情指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞指出，「目前觀察到有這個腦炎，兒童腦炎有比較增加的地方，也只有香港，跟我們鄰近的日本韓國似乎沒有看到類似的一個報告。所以是不是說跟我們這個華人的遺傳，或者是代謝等等這些有關的一些部分，或您提到的環境因子，這種都是有可能。」
林口長庚日前一名3歲2個月大的孩童，突然出現意識混亂，在急診前20小時發燒到38.4度，快篩結果呈現陽性，送急診後檢驗確診，Ct值18。在急診時出現「四肢抖動、頭後仰」等症狀，病程變化快速，用藥反應不佳，醫師警覺可能有腦炎，將孩子送進新冠專責ICU救治，但搶救60小時後仍宣告不治。
林口長庚醫院兒童加護病房主任林建志說：「第一天來的時候很快的，就在住院一個小時之後，就到ICU來了。6個小時之後就CPR，很不幸的，在隔天對外在血壓也開始往下降。」
擔心兒童確診後重症或引發腦炎的風險，有越來越多家長在詢問青少年及兒童輝瑞BNT疫苗何時施打，甚至有診所的電話線路被塞爆。
大心診所院長何宇苓說：「兒童BNT因為它的劑量、劑型、打法是完全不一樣，高雄市是統一明天（24號）才會領到疫苗，後天5月25號早上正式開打。」
中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中表示，「BNT或者輝瑞的疫苗，5到11歲的，我們是有77萬劑，一定會夠。」
至於6歲以下孩童何時有疫苗可打？指揮中心表示，目前莫德納在美國有6歲以下臨床試驗的資料，如果美國通過EUA，後續會請原廠提供資料審查。若順利7月有望開放6歲以下接種莫德納疫苗。
