國內自6/7起全台打新冠疫苗民眾都不需付任何費用，持續有醫界人士反彈聲浪，新北板橋的一家小兒科診所打則公告，要收掛號費。對此指揮中心表示，100元行政作業費用，是特別針對新冠肺炎疫苗接種編列預算，還另有編列獎勵金，接種到一定目標數量會額外發給獎勵金，民眾到診所除了接種疫苗，如果還有其他症狀來看病，還是可收掛號費。
向工作人員領取接種須知、小黃卡，並填寫接種評估單，接著再由醫生問診確認沒問題後就能接種新冠疫苗。6月7日起，指揮中心宣布，全台民眾接種COVID-19疫苗不必負擔任何費用，但卻陸續引發醫界反彈聲浪。
基層醫療協會理事長林應然表示，「已經有退出了（施打新冠疫苗）沒有錯，根據中央疫情指揮中心昨天的說法，是說他還要符合什麼打到一定的標準才給付，跟之前說法說40元是補助掛號費是完全不同。就是本來是說，你今天中央政府你要請客，你就要付錢嘛，不是你請客叫基層醫療院所去買單。」
基層醫療醫師表示，施打新冠疫苗比流感疫苗或一般常規疫苗更複雜，不但得增加許多人力來處理預約系統、資料登打，還要關懷民眾接種後身體狀況，所衍生出來的人事、加班費通通是診所買單，而且不少診所還自掏腰包買無殘餘劑1cc空針。
雖然之前立院通過紓困預算8400億中，有40億元是要支付給醫療院所施打新冠疫苗的行政費用，但每劑疫苗處置費只補助100元，又下令不准收掛號費。現在新北板橋就有醫師打算收掛號費，卻遭衛生局通知，停止配發疫苗。
新北市衛生局疾管科長黃冠傑說：「近日經持續與該診所溝通，無法達成共識與中央研討後，從7月21日起暫停提供（新冠）疫苗。」
針對有基層診所反彈打疫苗不能收掛號費、只能拿到100元處置費。指揮中心表示，100元行政作業費用，是特別針對新冠肺炎疫苗接種編列預算，還另有編列獎勵金，接種到一定目標數量會額外發給獎勵金，過去診所接種其他疫苗並沒有這100元處置費，且民眾如果到診所接種疫苗，還有其他症狀來看病，還是可收掛號費。
