從疫情衍生的兩岸包機議題，目前陷入僵局。血友病少年和他的母親經由「成都返台」的模式，讓滯留中國武漢的台灣民眾具有高度期待，但為了要避免防疫出現破口，因此內政部對於1600多名滯留湖北省的台灣人註記，要求他們未來要回到台灣，必須經由專機方式，如果是自行返台那就無法入境。

2月3日深夜，滯留武漢的247名台灣人，搭乘第一批包機返台；2月21號，鑽石公主號船上的19位台灣人，搭乘華航班機回來台灣，我方政府希望武漢第二批包機，複製橫濱模式；2月24號晚上，血友病少年與母親，經由成都特例返台，出現第三種返台模式。武漢曾短暫開城4小時，為了避免出現防疫破口，內政部已經對1694人進行註記，未來返台，只能搭專機回來。

內政部次長陳宗彥說：「在1月23日以後已經是前往湖北，去中國一直都還沒有回來，我們整個篩完之後總共有1694筆，這個部分我們全部都，特別去做了湖北的註記。所以從湖北回來的，就要遵守疫情中心所有的規範，來做國門的進出(管制)。」

陸委會副主委邱垂正表示：「這段(開城)期間有沒有國人從武漢離開，我們政府還在持續的相關的了解。」

兩岸包機陷入僵局，中國把原因歸咎給蔡政府，國台辦旗下中國台灣網，更批評滯留在湖北的台人，是台灣當局的政治犧牲品。前總統馬英九曾多次呼籲，讓人道超越政治，強調絕無干擾指揮官，指揮疫情。馬英九說：「按照我們國籍法，也有中華民國國籍的，可是卻不能夠回來，這個很明顯就是不公平，有歧視之嫌。」

馬英九多次對武漢包機發表看法，認為身為前總統，該講的話還是要講。至於澳門已20天無新增病例，有澳門學生期待政府盡快解除暫緩來台禁令，但陸委會強調，將與疫情指揮中心再討論。