接任教育部長後，吳茂昆首度參與部務會報，和各業務主管大談高教理念，他說，20歲的年青人是可以獨立的，教育部很多想法不見得比他們好，更把台大拿來舉例，「只要他們好好去規劃，一定比我們厲害，不會比我們差，為什麼他們老是要聽我們的？沒有什麼道理，讓大學有更多自主，更多他們自我調整的空間，應該是我們高教要做的事。」
表明要讓大學更自主，不過吳茂昆上任後，首要得面對台大校長當選人管中閔的相關爭議，25號教育部邀請中研院、法務部等單位，召開二度跨部會諮詢會議。
台大校長當選人管中閔，原訂2月1號上任，但因為擔任企業獨董、論文是否抄襲等爭議，教育部沒有核定聘書，之後，管中閔又因赴中兼職惹議，種種疑義、教育部都還要釐清。
台大校長聘任案延燒超過三個月，還沒有結論前，前部長潘文忠請辭，由吳茂昆接手，他希望這起事件，不要再拖，並承諾會依據會議結論，在這兩天做出決議。
