行政院宣布由中研院士、前東華大學校長吳茂昆接任教育部長。消息一公布，吳茂昆過往的爭議被放大檢視。國民黨上午質疑，吳茂昆有在中國官方資助的研究機構擔任顧問，有違法疑慮。吳茂昆透過聲明澄清，屬於短期交流，合乎規定。中研院表示經過清查，確實有簽學術交流備忘錄，是在此架構下進行交流。
吳茂昆透過聲明為自己澄清，表示臺灣中研院物理所和中國國家科學研究院，自2008年起有簽署合作協議，雙方研究人員彼此參與相關的學術交流與活動，他也沒有答應任何職位，中研院證實這項說法。
吳茂昆受訪時說：「我赴中國都是進行短期的學術演講交流活動，中研院的研究員我們是公務人員，赴中國必須事先申請報備，事實上都符合相關規定。」
陸委會也表示，吳茂昆沒有違反兩岸人民關係條例。陸委會發言人邱垂正說：「中國科學院雖然是屬於兩岸條例33條，公告禁止擔任中國大陸一些黨政軍機構的範圍，但如果他(吳茂昆)的個案是諮詢性、非常態性的，還不至於違反規定。」
吳茂昆聲明、相關部會說明，希望爭議就此打住，而吳茂昆上任後，首要處理的燙手山芋，就是同樣是院士，台大校長當選人管中閔的人事案。
除了台大校長遴選案，潘文忠任內提出的高教深耕，玉山學者等計畫，能否留才攬才？而相對高教，幼教與國教領域，吳茂昆相對不熟悉，十二年國教課綱能否在明年如期上路，教育團體期待新部長，多做功課，投入更多心力。
陸委會也表示，吳茂昆沒有違反兩岸人民關係條例。陸委會發言人邱垂正說：「中國科學院雖然是屬於兩岸條例33條，公告禁止擔任中國大陸一些黨政軍機構的範圍，但如果他(吳茂昆)的個案是諮詢性、非常態性的，還不至於違反規定。」
吳茂昆聲明、相關部會說明，希望爭議就此打住，而吳茂昆上任後，首要處理的燙手山芋，就是同樣是院士，台大校長當選人管中閔的人事案。
除了台大校長遴選案，潘文忠任內提出的高教深耕，玉山學者等計畫，能否留才攬才？而相對高教，幼教與國教領域，吳茂昆相對不熟悉，十二年國教課綱能否在明年如期上路，教育團體期待新部長，多做功課，投入更多心力。