選在選前倒數時刻，台灣基督教長老教會舉行記者會提出他們對下屆總統選舉當選人的期待，這並不是長老教會首次對台灣政壇與社會表達關心， 早在1971年12月29日，長老教會發表一份名為「台灣基督長老教會對國是的聲明及建議」，不但對外表達希望各國尊重台灣人民有權利決定自己命運，也對內向政府建言國會全面改選。1977年8月16日更發表人權宣言，促請政府使台灣成為一個新而獨立的國家，也因此長老教會長期以來被認為政治立場偏向綠營，在幾次總統大選，幾乎也都是支持民進黨的總統人選。 除了長老教會，也有不少宗教團體曾對政治議題或選舉表態，像是2004年南投中台禪寺惟覺老和尚就曾經公開力挺連戰與宋楚瑜參選正副總統。由於台灣社會對於宗教的開放態度，在台灣各種宗教的信徒不在少數，他們也成了參選人鎖定的目標，尤其各地信仰中心更是各黨候選人拜票的重點，不過有政治學者認為宗教與政治之間還是應該要有拿捏的分寸。 兩位學者都認為，宗教團體具有法人身份，有權利在法律規範下對各種社會或政治議題表達意見，而且意見都應該建立在理性基礎，而非透過宗教力量或感性訴求，意圖影響信徒的意識，才不會讓宗教變成有心人利用的工具。 記者 張志雄 張梓嘉 台北報導