健保今（2025）年開始推動個別醫院總額，但傳出不少醫院疑似因此縮減門診或者延後非重要手術。藥學專家就擔心，還有的醫院會選擇藥價差大的藥品來賺錢，而不願意進貨比較貴的新藥，等於犧牲掉病患權益。健保署目前正在評估如何改革和監測。
醫院看診接著對症下藥，2025年健保署開始推動個別醫院總額試辦計劃，部分醫院擔憂醫療服務利潤縮水，著手調整門診手術。如今有藥學專家則提醒，各醫院下一步可能會調整進藥選項，以利潤為導向選擇藥價差較高的藥品。
社區醫院協會理事長朱益宏指出，「它給付的價錢跟你採購的價錢是沒有關係的，所以當然採購的價錢越低的時候，它的藥價差就越高，假設說10塊錢的藥，說不定他買到只有3塊、4塊、5塊。」
醫界人士分析，主因還是在健保的單一藥價制度，假設某顆藥物健保價固定10元，但部分醫院只要大量採購或廠商削價，醫院可以更低價格購入，仍可獲得10元給付賺取藥價差。
對此台大藥學系教授沈麗娟更擔憂，因為近年癌症新藥引進，但使用人數少，幾乎沒有藥價差且很容易讓醫院總額達標，反而造成醫院不願意開而損害患者權益。
基層藥師公會理事長沈采穎認為，「有一些更大型的全國性的醫院，某些特別的品項藥價差甚至有到7成，那最重要的是怎麼讓民眾吃他必須要吃的藥，而不是多吃了很多不需要的藥。」
健保署副署長龐一鳴回應，「我們從今年7月16日已經開始啟動一連串的藥品政策改革討論，那這個改革討論我們會邀請10多個台灣的藥界團體和醫院團體和醫師團體去討論，所以這個會已經開始啟動了。」
健保署表示，目前已經開啟藥品政策改革的討論，藥價差也會納入一併討論，屆時可能會藉由醫院進藥資料比對進行監測以阻止亂象。不過牽涉議題龐雜，需長期蒐集醫院用藥等，還有待討論。