2013年3月13日，梵蒂岡西斯汀教堂飄出白煙，宣告新一任的教宗人選。
天主教教宗方濟各2013年3月13日說：「兄弟姊妹，謝謝你們的歡迎，請為我禱告。」
方濟各接任教宗，接下的重擔是因為性侵醜聞而造成教會形象破滅與教廷財政難題，他採取了一連串措施，包括召開全球主教大會，並設立新機構處理不當的神職人員。同時針對教會內部事務進行改革。
方濟各擁抱人群與務實作風，展現教會不同的面貌，積極讓天主教走入世界與人群。美國《時代》（Time）雜誌評選他為2013年度風雲人物，給他的評語是「離開皇宮、走上街頭的教宗」。
天主教教宗方濟各在2018年1月16日曾說：「在此我必須表達我的傷痛與羞愧，對一些教會神職人員對兒童造成無法挽回的傷害。」
方濟各對於世界各地的教會性侵醜聞多所作為，多次與受害者會面，撫慰他們的傷痛。
原住民遭受天主教會壓迫的歷史問題，也是方濟各上任後關注的重點。2022年高齡85歲的方濟各搭10小時飛機訪問加拿大，並且為當年教會虐待原住民學童的黑歷史致歉。
在同性戀議題上，方濟各展現相對寬容的態度。儘管對於同性婚姻持保留立場，不過他公開說，譴責同性傾向的人是一種罪過。梵蒂岡也宣布，教會可為同性伴侶祝福。
天主教教宗方濟各在2023年2月5日表示，「這是不對的，擁有同性戀傾向的人是天主的子女。」
方濟各也試圖將宗教的影響力，延伸到國際政治與外交舞台。2014年，方濟各邀請以色列前總統裴瑞斯（Shimon Peres）和巴勒斯坦總統阿巴斯（Mahmoud Abbas）到梵蒂岡參加和平祈禱會。隔年的拉丁美洲之旅訪問古巴，和前領導人卡斯楚（Fidel Castro）會面，促成美國和古巴恢復外交關係。
2019年方濟各會見內戰紛亂的南蘇丹總統與反對陣營領袖，突然跪下親吻他們的鞋子，懇求雙方努力維持簽署的和平協議。這項打破教廷外交慣例的舉措，引起廣泛的迴響。
天主教教宗方濟各在2024年3月10日表示，「我相信最強的人，是那些能看清局勢、為人民著想、勇敢舉起白旗並進行談判的人。」
在俄烏戰爭議題上，多次為烏克蘭祈福的方濟各，在接受瑞士廣播電視台《RSI》訪問時表示，烏克蘭應該要有勇氣「舉白旗」，招來國際反彈的聲浪。
方濟各上任以來出訪超過60國，足跡橫跨歐美亞非大陸。他身穿白袍穿梭在國際會議與各國領袖之間，深入無數崇敬他的群眾裡，方濟各對人類的關懷超越種族和宗教，親身將天主教義的精神，傳遞到世界每個角落。