比目魚的價格貴，過去都依靠進口，水試所6年前用深層海水養殖成功，將技術轉給民間，現在台東有養殖業者已經順利養出比目魚，每公斤的價格是進口的一半。
國內養殖比目魚的業者不多，台東地區唯一1家養殖業者花了1年多，利用深層海水成功養殖出3千多尾的比目魚，現在可以上市。
由於這批魚苗是國外進口，在台灣繁殖需要低溫的環境，業者就利用半室內的養殖，避免陽光直接照射，穩定控制水溫順利養殖，目前1公斤的價格比進口便宜一半，每公斤在800元左右，而且口感更好吃。
養殖業林新建說道，「我們這邊的溫度不像國外那麼低，養出來的品質跟國外不太一樣，我們會比較帶一些Q度。」
水試所東部海洋生物研究中心表示，目前技轉的比目魚養殖溫度要控制在18度左右，養殖成本較高，但其實台灣近海也有比目魚，生長溫度不像國外的魚種嚴苛，如果能克服人工養殖技術，預估可以降低養殖成本，目前正在研究。
東部研究中心副研究員陳玉萍指出，「我們有試過幾種，台灣周邊比目魚的話，牠大概水溫可以到26°C、27°C都沒有問題，所以相對水溫他就比較高一點，不用受限於這樣一個條件的限制。」
東部海洋生物研究中心表示，比目魚是高經濟的魚類，台灣週邊也有90多種比目魚，一旦成功研究出國產的比目魚人工養殖技術，未來國人就可以吃到更平價的比目魚。