交通部觀光局推出1968 APP新增防疫資訊來示警，提供給51連假出遊民眾參考，但全國234處景點，光台南就佔了27處，引來台南市長黃偉哲連兩天砲轟，更在實際測試後認為這個APP根本不準，「已經半夜了，新竹動物園還人潮略多，我看是人多還是動物多我真的不知道。既然這個軟體的穩定度還不夠、可靠性還不足，那幹嘛一定要強用這個軟體？來對於一些縣市，我覺得其實是我們不可承受之重。」

雖然疫情指揮中心指揮官陳時中也公開表示，地方政府有任何想法都可以提出來商量，會予以尊重。不過，副指揮官陳宗彥表示，台南示警多代表人潮多應該開心，黃偉哲再槓中央，「所以說從清明連假以來到現在，我們已經高興很久，現在又碰到五一連假被列入這麼多，所以呢？我看套一句口罩的話就是『我OK，你先高興』好了。我們事實上已經受到蠻多的影響，我們不希望說這個時候還來這種高興，這種高興，與其是高興，我看敬謝不敏。」有遊客則是說不擔心，做足防疫措施就好。

攤開台南市27個景點，從北到南幾乎都有熱點，包括老街、風景區都囊括在內，全民防疫期間，各行各業蕭條。台南飯店業者也說，過去只要連假幾乎滿房的訂房率，到目前也都只有4成。飯店經理姚明瑩表示：「其實有客人選擇延期或是退訂，我們都是予以彈性，那當然也是有客人訂進來，所以其實一消一長，其實差不多也是維持4成的住房率。」

地方槓上中央，也讓全民疫情期間多了一段插曲。