為了管控武漢肺炎疫情，中國率先實施武漢封城，鄰近市區陸續跟進，擋不了感染人數的上升，南京、福州、哈爾濱、寧波等城市，也宣布實施封閉式管理。
南京台協會長林銘田說，「凌晨才宣布封城，（早）已經半封城了，就是我們到農村去，每一個大隊、每一個社區都會自己來攔路、來控管。」
中國多數城市封城，滯留當地的台灣人回不來，中國國台辦發言人馬曉光上午表示，目前台灣人在中國確診3例，疑似病例2例，均已及時安排就醫，疫情通報方面，到2月4日為止向台灣通報疫情36次，台灣向中國通報15次，強調與台灣溝通無礙。湖北省台辦則發出訊息，緊鑼密鼓安排後續返台班機，5日要再送回第二批，不過陸委會強調5日、6日兩天都沒有加班機。
陸委會副主委邱垂正說，「防疫第一為目標，今明兩天不會再有加班機返台。」由於第一批返台專機247人出現一個確診病例，而且搭機名單中國在最後一刻才提供，也未依我方要求放行，第二批返台名單須以防疫條件為優先。
陸委會主委陳明通強調，「優先的（旅客）名單不理想，防疫還是第一優先，防疫的工作沒有做好，就很難有下一步。」海基會發言人蔡孟君也說，「希望以短期出差、有特殊疾病、須長期用藥，以及年長者及年幼的兒童等抵抗力較弱的為優先，海基會已經整理好曾經求助名單，將做為政府溝通下一批返台名單的重點，大約有200位的民眾。」
陸委會也提出三原則，包括與對岸協調如何強化防疫檢疫作業，優先旅客名單必須與我方協商，再加上隔離場所容量有限，又要隔離14天，必須有充足準備，因此呼籲中國應該雙方充分配合。
