陳師孟表示，「過去做惡、為非作歹的（法官）就是藍的嘛，所以你現在不辦藍去辦綠嗎？」

上任前就先對法官宣戰，曾任總統府秘書長的監察委員陳師孟，打從被提名以來爭議不斷，藍營猛批政黨色彩太重，尤其是曾公開表態要還前總統陳水扁清白，也被批評是干預司法。陳師孟曾說，「讓阿扁能夠、清白能夠還他的話，那我覺得是做為監察委員一個不可旁貸的一個責任。」

陳師孟上任後第一起調查案件就與扁案有關，調查2009年司法節慶祝大會，怒批諷刺前總統陳水扁的舞台劇是踐踏人權，但最後被要求迴避調查。他也對不少議題表態，像是促轉會之前的張天欽事件，陳師孟就在自己的部落格公開相挺張天欽，認為他對侯友宜的「除垢」沒有錯，不過最受到注目的，則是對前總統馬英九洩密案判無罪不滿，說要約詢承辦的一、二審法官，引起法界反彈，全國法官甚至公開聯署反對，要捍衛司法獨立。

對此陳師孟認為，「他們（法官）只是靠這種人多勢眾，或者這個所謂的連署之類的話，這個只是加深我瞧不起他們而已。」

陳師孟多次嗆辣發言，甚至還要求與法官公開辯論，被批評逾越監察權，劍青檢改發言人林達檢察官雖然不評論陳師孟請辭，但希望監察委員將來都能尊重司法獨立性，「也不能感謝他，就只能尊重他，後面接案的其他監委，也希望都能夠就是嚴守這個分際。」

台灣人權進步協會則認為，監察權並非全然不可觸碰司法權，但必須特別謹慎，也不可以無限上綱。陳師孟也被外界質疑是總統蔡英文利用來控制司法，備受批評，雖然陳師孟曾表示不以為意，但是選後卻突然閃辭，被視為是蔡政府在選後為爭議事件設下的停損點。