綠色和平8月中下旬實地走訪小琉球，以穿越線的生態調查方式，於水下10公尺進行監測。在多個遊憩地點發現每平方公尺內的魚連1隻都不到，體長也只有5至7公分，魚類群聚密度明顯比墾丁入水口跟綠島低，認為小琉球沿岸的生態資源瀕臨枯竭。
潛水人員在水下10公尺深的地方拉起「穿越線」，準備仔細觀察海裡面魚類生存狀況，偶爾可見零星幾隻。
綠色和平在8月中下旬，找調查團隊來到小琉球6處遊憩景點的沿近海，其中5個點每平方公尺只有0.4至0.8隻魚，魚類群聚密度遠低於墾丁入水口及綠島。
綠色和平海洋專案主任鍾孟勳表示，「其他的地方都不到1隻魚，其實數量是非常少，而且體長也非常地小，平均約5至7公分，魚類的資源都呈現下降的趨勢。」
綠色和平指出，其中花瓶岩變化最大，魚類單位面積數量從2010年的2.5隻降至今（2023）年的0.6隻，顯示魚類資源衰退。
研究團隊也發現多數樣點珊瑚覆蓋率低於30%，珊瑚礁體系出現優勢物種單一化趨勢，學者表示這次的調查與長期研究的趨勢一致。
海洋生物博物館樊同雲認為，「小琉球反而雪上加霜，人為的汙染破壞非常地多再加上氣候變遷的衝擊，所以它衰退地非常嚴重。」
學者認為，小琉球生態當務之急是改善人為污染並設置保護區，綠色和平認為推動《海洋保育法》才能有效保育海洋觀光資源，至於是否進行觀光客總量管制、收取登島費或進入潮間帶收保育費，當地觀光發展協會表示，島上一半支持一半反對，要推動恐怕還有很長的路要走。