花蓮鯉魚潭長年因為生活汙水直接排入，導致潭內優養化，然雖早年做過截流和人工濕地淨化，但效果不彰，而且汙水系統已受損。目前縱管處計畫將進行汙水截流及升級汙水廠工程，預計3年完工。
風景秀麗的鯉魚潭是花蓮重要觀光景點，但附近生活廢水沒有處理就直接排入潭中，到了夏季藻類滋生，水質便開始優養化。除了造成惡臭外，嚴重時甚至會有大量魚隻死亡，令附近居民相當困擾。
附近民眾說：「變得越來越濁，越來越髒了。」
鯉魚潭店家表示，有的業者好幾年前就開始做油水分離，也有的是近期在做，但這邊整排店家幾乎都已經做了。
商圈店家也強調，大家都很配合在處理生活、事業廢水，但優養化速度太快，還是需要大型汙水處理系統。
花蓮壽豐鄉池南村長張清飛說：「在10年前有做一個簡易的汙水處理方式，但是已經沒有效果了，所以要建議縱管處重新來規劃。」
為了解決鯉魚潭水質問題，縱管處委託東華大學長期監測，並施放原生種食藻性魚類，也在南邊興建汙水處理廠，未來所有生活廢水將截流處理後，經過人工濕地後才回放潭中。
縱管處副處長莊名豪說：「為優化前期相關的汙水處理系統，經整體檢討已完成規劃，並自去年開始執行，我們預計在3年內來完成改善。」
鯉魚潭目前第一期工程配合潭北步道拓寬進行。後續潭南汙水處理廠完工後，配合碼頭相關工程，會進行包括岸際底泥清除、清淤等，希望改善潭內水質。