學甲88槍槍擊案遲遲未破，各界緊盯台南市警局，麻豆分局又發生重大警紀醜聞，去年11月一位地方人士車禍肇逃、找人頂包，台南地檢署認為，警方涉嫌疏縱人犯包庇，前往偵查隊、派出所等處搜索，訊後偵查隊長、警備隊長和承辦員警，各以6至10萬元交保，市警局也火速將偵查和警備隊長，降調非主管職務，麻豆分局長自請處分。
台南麻豆分局氣氛凝重，因為前一日台南地檢署指揮廉政署等單位，前往派出所等處搜索，並將偵查隊長、警備隊長等10名員警，帶回偵訊，起因是去年11月中旬一起酒駕肇逃案，檢方調查部分員警涉嫌包庇，讓肇逃者找人頂罪。
台南地檢署襄閱主任檢察官許嘉龍指出，「偵辦洪姓男子肇事逃逸，事後由楊姓男子出面頂替案件，分局3名員警明知此事，仍予以受理並辦理移送，涉嫌公務員登載不實公文書及隱匿人犯罪嫌。」
檢方訊問後，10名應訊員警，有4人列為證人，剩下6名員警中，其中3人無保請回，涉案吳姓偵查隊長以10萬元交保，時任派出所長的警備隊長及承辦員警則分別以8萬跟6萬交保。麻豆分局出現重大警紀醜聞，市警局也火速開鍘，分局長自請處分。
台南市警局麻豆分局長林中興表示，「偵查隊長是改調至本局擔任警務正，警備隊長的部分是改調至佳里分局擔任警務員，本人會自請處分。」
台南市警察局長方仰寧說，「很難過的是，不是我一天兩天可以把這些組織文化改變，但是我承諾只要我在職一天，我一定努力地破除這些不好的組織文化。」
外傳肇逃者是警友會成員，面對員警與警友等地方人士勾結，方仰寧表示警方會誠實面對、破除不好的文化，但學甲88槍槍擊案還沒破，麻豆又出現警紀醜聞，台南市警方恐怕得上緊發條，以免外界詬病。