BNT在校園開打引發爭端，北市某國中女學生因嘲笑同班男同學無法打疫苗，遭男同學揮拳打傷鼻樑。在校方輔導下，女同學主動跟男同學致歉，北市教育局也強調會從旁輔導，並加強宣導尊重個人施打疫苗意願。
北市某國中學務主任表示，「他（男同學）之前去看診，醫生是講說因為他淋巴腫大，所以暫時先不要打疫苗會比較安全，然後就當下那個女生就對男生，有一點類似嘲諷的方式，就是直接講說你長腫瘤不能打，男生聽到就很生氣，就會覺得說他已經不能打了，然後妳還要嘲笑我。」
北市教育局中等教育科長黃喬偉說：「教育局之前製作了一些尊重個人施打意願的相關的EDM，我們也請學校要再向學生進行更多層次的宣導，然後尊重每個人施打疫苗的意願，我們輔諮中心也會協助學校進行相關的輔導措施，讓兩位學生能夠有一個和好的狀態。」
女學生母親質疑校安通報有漏洞，因為第一時間只有男方家長收到通知。校方回應，是因為女學生當下表示先不要告知媽媽，加上男同學情緒起伏較大，因此才會先請男同學家長到校，隨後也有通知女學生爸爸到校，並馬上通報校安中心。目前女同學傷勢已好轉，兩名同學並被列為高關懷對象。
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