海軍陸戰隊兩棲蛙人因海象不佳，整裝一上午沒有出動，25日下午終於可以出發，三艘橡皮艇搭載14人，要前往當地漁民建議的鼻頭礁水下搜尋。
三軍聯訓基地少將指揮官張明德表示，「水下很混濁，水下的狀況不是我們可以預期的，他們已經先去偵測過了，然後潛水員也上來了。這邊的漁夫漁民都認為，只要有海難或海事事件的時候，大約在(鼻頭礁)這個區域是最容易發現的。」
指揮官表示，鼻頭礁因地形關係，不同方向洋流交會，過往海事發生大多可在這裡搜尋到物品，才選定這裡。但天候不佳，首位蛙人下水就因為能見度太差，任務提早結束。不過搜救的行動沒有因為超過黃金72小時而喊停，陸上持續有人用望遠鏡監控，山區則有海巡人員搜山。至於無人機及水下搜尋，只要天氣許可，也會持續出動。
而兩架戰機失事原因，國防部長邱國正在立院備詢時，坦言事件八九不離十是碰撞，但還需要其他細節來驗證，也不排除邀請運安會協助。
國防部長邱國正指出，「我們的檢查小組都從各方找來，包含外面不管飛安或從有專業的人員，看這個編組也就知道，我們不可能也不會，軍中自己把它包在一個裡面，還想要我們的問題我們自己解決。」
國防部長邱國正指出，「我們的檢查小組都從各方找來，包含外面不管飛安或從有專業的人員，看這個編組也就知道，我們不可能也不會，軍中自己把它包在一個裡面，還想要我們的問題我們自己解決。」
國防部強調，調查小組包含外面的專業人員，軍方不會關起門來做事。搜尋進入第四天，下午一度傳聞屏東找到飛官，以及台東南田發現殘骸，不過都遭到軍方否認。
