配合太陽光電政策，烏山頭水庫3年前設置水面型太陽能光電板，設置面積約11.5公頃，不過這種水面浮力式太陽光電板也引發民眾對水質汙染與景觀破壞的擔憂。對此農田水利署嘉南管理處強調，這光電板面積僅占水庫面積的1.12%，每年也都會5次的水質檢測，報告也都會給相關單位備查。
走進台南烏山頭水庫風景區內，湖光山色的美景也吸引不少觀光客前來，不過搭著遊湖船欣賞美麗的水域，途中出現一大片的光電板，也引發外界疑慮。
台南市民胡先生說道，「我也不知道會不會影響水質，也沒人反應，我們老百姓也不知道，污染對我們人不好啦。」
遊客說：「我個人不覺得會影響水質。」
台南社大研究員晁瑞光認為，「你說烏山頭水庫一旦發生風災，我們有沒有什麼方式可以處理？坦白講我懷疑是沒有，因為當這麼大面積的光電板不管是電線絞在一起，或者是碰撞導致玻璃破裂，或者是起火燃燒，這些都會造成污染。」
透過空拍紀錄，排列整齊壯觀的光電板在青山綠水中略顯突兀，對此農田水利署嘉南管理處強調，光電板設置面積約11.5公頃，僅占烏山頭水庫的1026.3公頃當中的1.12%。
農田水利署嘉南管理處企劃室主任蔡宗勳說明，「每年可以減少碳排放量約9000噸，相當於23個大安森林公園排碳量。關於清洗，我們契約都有明文規定，說只能清水，相關的水質檢驗報告我們也有提供給當地的區公所或市政府經發局做備查。」
農田水利署嘉南管理處強調，除了清水清理，每年也會有5次水質檢測，國外包括美國、韓國、新加坡等國家也都在民生用水水庫上設置太陽能光電的案例，未來也會持續追蹤水質狀況，確保用水無虞。