花蓮溪口是國家級重要濕地，每年10月到隔年3月有許多雁鴨科、鷸鴴科的候鳥來這度冬，是鳥會舉辦賞鳥活動的重要據點。不過近年來一些開發進駐南邊的嶺頂沙丘，讓保育人士擔心生態棲地可能受到衝擊。
花蓮溪口是重要野鳥棲地（IBA）之一，每年10月以後雁鴨科、鷸鴴科的候鳥們在花蓮溪口報到，野鳥學會也按照往例舉辦數鳥活動，探訪這些遠道而來的朋友。
花蓮縣野鳥學會總幹事何瑞暘指出，「如果以現在這個冬天來看的話，我們其實比較容易看到像是東方環頸鴴，它有時候數量可以到3、500隻。」
花蓮溪口南岸的嶺頂沙洲，茂密的保安林則是灰頭鷦鶯、扇尾鶯、台灣特有種畫眉的領地。
不過由於嶺頂沙丘部分屬於私人土地，近年來民宿、餐廳、沙灘車業者陸續進駐。
荒野保護協會花蓮分會副分會長李志芬表示，「因為這裡也是私人的地，有聽說要開發，但是一直都不確定是什麼樣的案子，結果來上面看到的時候，已經是圍起工地圍籬，已經整地好了，然後擋土牆也做了的狀況。」
旅館業者打算在海岸興建民宿，但保育團體擔心原本的保安林和植被改變之後，對當地的生態可能會造成影響。
何瑞暘說明，「它還沒施工前就是一種次生林跟一些長草灌叢，就是像剛才講到那個台灣畫眉跟一些文鳥扇尾牠們很喜歡出沒的環境，一旦這樣的地方被改變、被破壞，回不去之後，無形中也會減少台灣畫眉可以利用的棲地環境。」
嶺頂沙丘位在花東沿海自然保護區，且緊鄰花蓮溪口國家重要濕地，但並不在海岸管理法劃設的海岸保護區範圍內。
保育人士希望未來嶺頂沙丘可以列入海岸保護區的範圍，讓這塊在山海河交界的珍貴棲地能依法得到該有的保護。