日本發生大地震，根本原因備受外界關注。除了沿岸有多達4個活斷層外，還有3年前專家提過的地下水問題。至於這次的地震海嘯，雖然沒有造成太嚴重的破壞，但日本的防災工程專家指出，以過去經驗顯示，海嘯高度只要1公尺就足以致命，所以要及時前往高處避難。除此之外，地震也造成能登半島地形出現改變。
NHK解說委員松本浩司表示，「國土地理院的GPS觀測資料顯示，確認能登半島大規模的地形變動。輪島市的觀測點向西移動了1.3公尺、穴水町移動了1公尺、珠洲市也移動了80公分。」
根據NHK電視台的報導，最大的地殼移動距離還不只如此。其中重災區所在的輪島市，西部最多移動距離達3公尺，而珠洲市的北部最大移動距離也有1公尺。不過這都只是衛星拍攝的平面變化，至於是地殼隆起還是水平位移，目前還無法判斷。
能登半島最近3年來地震活動相當頻繁，連同這次的元旦大地震，芮氏規模超過3以上的就多達25次，其中M5以上的地震有4次。
NHK解說委員松本浩司補充，「氣象廳的資料顯示板塊由西北方向東南方帶動地盤，最後造成所謂的逆斷層，因此造成較大規模的地震。」
所謂的逆斷層，就是原本位置較高的岩盤向下移動，而位置較低的則向上移動，是東亞地區常見的斷層型態。像是台灣中部的車籠埔斷層在921大地震，造成台中南投各地慘重災情，就是典型的例子。
另外，深層地下水的流動，也被專家指為這次能登半島大地震的重要原因之一。
日本經濟新聞引述東京工業大學地震學教授中島淳一的說法，太平洋的海水順著板塊裂縫流入日本地下，由東向西積存在日本西岸地底。因為某些原因而向上滲入能登半島的斷層帶，造成地殼更容易滑動而發生大地震。