武漢台商包機回台，卻有機上有確診案例，甚至名單是在起飛前1小時才提供給我政府等的情況，引發議論。行政院長蘇貞昌6號在行政院會上，痛批整件事完全走樣，下不為例；並且針對包機，要求接下來任何包機，必須弱勢優先、檢疫優先，落實上機前的檢驗，應事先提供名單，供台灣確認；包機要政府對政府磋商。
行政院發言人 Kolas Yotaka說：「針對在昨天因為武漢肺炎，台商包機回台所發生過的缺失，院長在今天非常嚴厲的表示整起事件完全走樣，下不為例。」
由於疫情持續延燒，據了解，已經有超過70個中國城市進行封閉式管理，像是江西省已經有600起案例，遼寧省也疫情嚴重，這兩個省的衛生單位，都大力宣導防疫工作，以「封省」規格，嚴肅面對。有鑑於此，陸委會強調，再來的武漢台商包機，或是其他可能的台商包機，包機名單一定要在飛機起飛前1天提供。
陸委會副主委邱垂正說：「我們也希望下一批的名單能夠事先在一天以前，提供我政府來做必要的這個審核。」
對於首批武漢台商包機，傳出有多位中配，甚至持有美國籍護照，對此，陸委會強調，名單結構上，都是我們的國人，中配確實有一定比例，他們是台商的配偶也是家人，領有居留證；也強調首批名單不盡理想，未來會嚴格要求，名單一定要在起飛前1天提供，並且以弱勢為優先。
