蘭嶼核廢料的問題，遲遲沒有解決，原訂2016年3月底，必須遞交最終處置場址報告，結果跳票，遭到原能會開罰1千萬，台電提訴願被駁回後，繼續打行政訴訟，台電強調，當初是因為卡在地方公投，不能全歸究於台電責任。

存放在蘭嶼的核廢料，一直沒有遷出，而台電106年3月底前，卻沒有依據「低放射性廢棄物最終處置設施場址設置條例」，提出最終處置場址，遭到原能會祭出1000萬罰鍰，台電不服提起訴願，遭到駁回後，則是告上法院，打行政訴訟。

台電發言人徐造華表示，「這個部份主要在於涉及到，地方政府辦理公投，而公投的推動跟辦理，並非台電單方面所能掌控，但其實台電公司已經非常努力，積極辦理這些事情，所以其實不可歸責於台電，因此台電才提出這個免罰1千萬的行政訴訟。」

原本行政法院在9號，就要做出宣判，因為還有證據要審查，擇期再宣判，台電則強調因為等不到地方公投結果，才無法規劃候選名單，所以才無法在期限內，提出最終處置場址。因此，不能把責任全歸究於台電，只是核廢料該往哪裡貯放，一再卡關，依照原能會規劃，如果台電到2028年，還沒選出最終處置場址，2029年就要辦理中繼式「集中式貯存設施」的選址作業。