其實國內修法部分，在立法院一直是藍綠角力的焦點。
民進黨在食品衛生管理法修法上，堅持納入「曾為疫區」的文字，為修法底限。 國民黨黃義交版本則明定，「曾有」狂牛症地區的文字不得輸台; 而在立委孔文吉的版本中，則是拿掉「曾為疫區」的文字，但加碼明定，輸入肉品要檢附證明，以及我方可派員實地查核與逐箱查驗的權力，授權行政機關訂檢驗辦法，還增列30萬以下罰金及廢止證照等規定。
國民黨團認為，在不違背議定書內容前提下，雖然禁不了，但明定嚴格的行政查核手段，在技術上也能扼止牛絞肉及內臟流入台灣市面。
藍綠修法版本已經備齊,國會將在13日讓各版本併案逕付二讀，再交付協商，希望在17日順利三讀完成修法
