馬英九基金會2024年11月曾邀請中國運動選手馬龍、楊倩等學生訪團來台交流。不過當時上海復旦大學學生宋思瑤在回應台灣12強棒球賽奪冠時，稱我方為「中國台北隊」和「一起為祖國努力」等言論，引發爭議。移民署10日約談前總統馬英九，釐清中國學生來台是否符合《大陸地區人民進入台灣地區許可辦法》，馬英九也親自出席。
前總統馬英九說：「我相信賴清德總統也一定不會和1位20歲的大陸女同學錙銖必較，因此我希望賴政府能夠高抬貴手，不要處分馬英九基金會，否則將會產生不必要的寒蟬效應，讓其他台灣民間單位更加不敢邀請大陸的團體來台。這樣會嚴重影響兩岸的民間交流，對台灣毫無好處，我言盡如此。」
馬英九強調，他親自出席說明會議，是希望呼籲賴總統不要用政治力量與行政手段，阻斷兩岸青年交流的機會。
移民署也回應，兩岸交流應秉持相互尊重、對等尊嚴原則，維護兩岸健康有序交流，勿有矮化我方之行為或用語，邀請單位及中國人士均應遵守相關規定，及遵行交流本意。
移民署後續將會同相關機關，依規定處理。