衛福部長邱泰源日前爆料，為了醫院減碳政策，總統賴清德打電話罵了環境部長彭啓明，此話一出引起討論，外界尤其質疑部會首長之間的溝通為何跳過行政院長，直接由總統打電話協調？卓榮泰今（24）日也做出最新回應。
行政院長卓榮泰說明，「雙方在過去未任公職前都有相當多的交情也有很深厚感情，所以他們有時候說話間難免會比較輕鬆。但這件我們要嚴正地看，就這個政策對衛福部和環境部來講應該嚴肅看政策，以及做政策相關表達才好，這件事情我及個人跟部會首長都深以為戒。」
記者詢問衛福部長邱泰源，「道歉是因為總統有打電話給您才道歉嗎？為什麼總統要直接打電話給部長？（虛心接受大家指教。）為什麼不先打電話給卓榮泰呢？」
針對發言失當，邱泰源事後也坦言用詞不當才造成外界誤解，並且向彭啓明致歉。
至於今（23）日在立法院備詢時，國民黨立委羅智強邀請邱泰源和彭啟明一起上台，要求兩人一起握手；卓榮泰在兩人都上台後也順勢牽起邱泰源與彭啟明的手，象徵大合解。