停在高雄港邊的大金輪，還在等待集貨，準備開往金門；但22日晚上被交通部航港局登船查核，開出國內第一張船隻違反嚴重特殊傳染性肺炎防治條例的罰單，罰金10萬元。因為3月曾有一名船員卸職，卻沒申請居家檢疫。
航港局南部航務中心主任張博彥說：「他是從大金輪卸職之後，那他就到一艘叫大翔（丸）輪的船舶去任職。上去之後，這兩條船原則上都是小三通的船舶，所以他都有可能在台灣的各個港口的離島之間做航行。」
航港局表示，這名船員3月22日隨大金輪到過中國廈門，3月26日停靠台中港，辦理卸職後轉任同一公司的大翔丸船員，依規定換船視同下船，應該由船公司申請居家檢疫14天。船公司喊冤，強調過去船員卸職常直接換船，最近也未曾收到航港局的檢疫公文。
大金航運經理俞全興解釋，「我們（船員）沒有入境到大陸，在台灣也沒有入境到台灣。同樣在跑小三通這塊貨船的話，都可以A船到B船。」
航港局強調，檢疫作法3月19日就已公告，但船公司覺得委屈，將再陳述意見，希望免罰。所幸該名船員至今沒有染疫跡象，在4月初也已離職下船，並且居家檢疫14天期滿。
