流感疫情有持續升溫趨勢，台北市政府統計，上週校園通報流感個案突破2千人次，創下2023年以來單週最高紀錄，在中秋連續假期過後，疫情可能再升溫，符合接種疫苗資格的民眾，可以儘速前往施打。有醫師指出，觀察今（2025）年流感病毒有變異趨勢，有病人在3個月內就得到2次流感。
中秋假期，有營業的診所持續有民眾上門，第一線醫師觀察，趁著假期來打流感疫苗的人不少，而其中也有不少是高燒就診的病人；發燒病人中，確診流感的大約有3成，觀察因為病毒有變異趨勢，還有人3個月內重複感染不同病毒株的流感。
醫師莊宇龍表示，「大部分都是以發燒為主，那合併有頭痛、全身痠痛、疲倦無力等等。變種，所以說大家變得比較沒有抵抗力，而且甚至有2種以上流感在流行。」
醫師指出，目前流感個案還是以A流為大宗，也有病人確診B型流感。根據疾管署監測，9月21日到9月27日，類流感門急診就診有12萬多人次，呈現上升趨勢。
北市衛生局觀察，尤其校園流感疫情快速增加，上週接獲流感通報2181人次，比前一週大幅上升32.6%。
北市衛生局疾管科科長張惠美指出，「今年9月以來，流感的門急診的疫情都有升溫的情形，尤其以校園的流感疫情更為明顯，疫情來到從2023年以來的新高。」
儘管今年流感疫苗「打氣」不錯，截至4日累計接種數已是去年同期的2.6倍，不過公衛學者陳秀熙分析，在流感疫情有多病毒共存趨勢下，推估疫苗接種率至少要達到70%，才能降低疫情規模。
另外，疾管署監測，全國近4週已接獲66起腹瀉群聚通報案件，其中7成為諾羅病毒，也提醒民眾在中秋聚會應注意手部衛生，將食材確實加熱，若出現疑似症狀應儘速就醫。