公投後，總統蔡英文聚焦在國土行政區劃，今天在官邸邀集府院黨官員和多位立委討論。對於新竹縣市合併方向有共識，但黨內英系還是堅持要整體思考，多位非民進黨執政縣市首長也呼籲中央，不要政治考量，要以地方財政合理分配的角度整體規劃。
公投後第二天，總統蔡英文在官邸邀集副總統賴清德、行政院長蘇貞昌、部分黨籍立委與縣市首長討論國政議題，其中包括新竹縣市合併升格議題。總統府表示與會者有高度共識認為，台灣半導體產業是國家戰略產業，必須掌握國際供應鏈重組的關鍵契機，因此支持新竹縣市合併升格。
蔡總統也強調未來國土行政區劃，必須以宏觀的視野進行討論。
新竹市長林智堅說：「基於國家特殊發展的一個需要，以及區域治理未來能夠更有效率，所以我們非常的期待。」
新竹縣長楊文科表示，「直接就要決定，由上而下來決定升格的話，我想背離民意的話，是一定會得到民意的反撲。」
不同政黨的兩位縣市長對大新竹合併方式各有看法，但已經獲得議會同意向中央申請升格的彰化縣，以及也有機會縣市合併的嘉義市，政府未來的行政區劃方向對他們來說充滿未知數。
彰化縣長王惠美認為，「中央也知道說我們這些縣的財政真的是非常辛苦，如果透過升都的話，能夠讓大家有更好的發展，我們都樂觀其成。」
嘉義市長黃敏惠說：「到目前為止，還沒有看到具體的做法，不過還是希望任何的決策都考慮到人民的感受。」
身兼民眾黨主席的台北市長柯文哲質疑，民進黨這時拋出行政區劃議題有政治企圖。
台北市長柯文哲認為，「不要為了選舉去改變行政區劃其實我知道民進黨在幹什麼，他們一直在做民調，他們只要發現（新竹市長選舉）他們輸給高虹安，他就會縣市合併。」
據了解雖然蔡總統表示支持，但民進黨內英系還是堅持行政區重劃要整體思考，否則還是無法解決各縣市統籌分配款、財政資源不均等等問題。
雲林縣長張麗善也向中央喊話，與其討論合併議題，不如實質深化區域合作、關心地方需求、合理分配資源，讓每個縣市均富、均強。