馬太鞍溪堰塞湖壩頂潰決造成嚴重災情，這座湖是在7月下旬，林保署透過衛星掌握形成，一開始面積18公頃，到潰決前夕已達140公頃，相關單位成立應變小組，啟動空勘和風險初評，9月22日因應颱風造成的豪雨啟動預防性疏散。有外界聲音質疑，為何這近2個月以來，都沒有進行爆破或工程引流呢？有學者指出，堰塞湖位處偏僻，重機具不易到達，另外爆破風險過大，最後認為撤離居民最可行。
一片光禿禿，500公頃的崩塌地阻塞河道、形成堰塞湖，林保署透過7月25日衛星影像掌握，湖面18公頃，近兩個月來越來越大，在潰決前來到140公頃，蓄水量9100萬噸，相當一座南化水庫，約3.64萬個游泳池水量。
外界質疑，難道一開始不能先用炸藥，把水引流掉嗎？
前內政部長李鴻源認為，「不可能、不可能，你爆破的話，你這樣大的炸藥，會造成更多我們沒有辦法控制的狀況。」
2週前，水利工程專家、前內政部長李鴻源接到現任部長劉世芳邀請，召集學者專家討論因應，李鴻源直言炸山不是選項。
台大土木系教授游景雲表示，當初評估工程引流不可行，認為應撤離居民，不只撤離馬太鞍溪兩岸，更要擴大範圍，包括後來災情嚴重的光復鄉。
游景雲指出，「那大部分的居民都有照我們的建議做撤離，目前的災情看來，就是沒有完成撤離的人，都在我們當初提醒的熱點裡面。」
雖建議應全數撤離，此次仍傳出傷亡，李鴻源前部長則認為，若沒事先撤離更慘。
李鴻源表示，「疏散了大概7、8千個人，當然還造成了一些傷亡，但是我們就想，要是沒做這樣的一個疏散，那後果恐怕就不堪想像。」
也有聲音質疑，雖有撤離，但沒有整合堤防之外的第二道防線或設置緩衝區，才導致淹水嚴重。但水利署指出，此次通洪流量，足足高出河道設計標準4倍之多。
經濟部水利署組長李榮富說：「洪峰的這個量值實在太大了，而且那個水的力量是非常大的，所以遇到這麼大的一個洪峰跟水勢的時候，是抵擋不住的。」
預估累積雨量足以讓堰塞湖溢流，林保署在潰決前一天22日上午發布紅色警戒，請花蓮縣府「強制」疏散撤離受影響居民約1800戶。而截至24日統計，縣府共撤離3285人。